Por primera vez en la historia, un mismo país organizaba por segunda ocasión un Mundial, México obtuvo la sede después de que Colombia declinara en 1983. Así como en 1970 brilló Pelé, en 1986 la gran figura fue el argentino Diego Armando Maradona, quien condujo a su selección a la obtención del título.
Siguieron participando 24 selecciones, repartidas en seis grupos de cuatro tras los cuales avanzaron los dos primeros de cada uno y los cuatro mejores terceros, fueron abolidos los acomodos grupales en segundas rondas para instituir la etapa de octavos de final, a eliminación directa, que precedía a los cuartos de final, las semifinales y la gran final.
El Grupo A fue ganado por Argentina, que debutó derrotando 3-2 a Corea del Sur, después igualó 1-1 con Italia y concretó el pase venciendo 2-0 a Bulgaria. Italia se adjudicó la segunda plaza, inició como en 1982, con dos empates, ambos a un gol, pero amarró el boleto derrotando 3-2 a Corea del Sur. Los búlgaros avanzaron como uno de los mejores terceros al acabar con dos puntos.
Para sorpresa incluso de los organizadores, México fue el mejor del Grupo B al ganar dos partidos: 2-1 a Bélgica y 1-0 a Irak, empató 1-1 con Paraguay, pudo haber triunfado fácilmente pero Hugo Sánchez falló un penal en los últimos minutos, ese hecho provocó que los paraguayos avanzaran en el segundo lugar al terminar con cinco unidades ya que también igualó con Bélgica, pero 2-2, y antes había derrotado 1-0 a Irak. Los belgas sumaron tres unidades, así que fueron unos de los que avanzaron como mejor tercer lugar.
Soviéticos y franceses se repartieron el pastel en el Grupo C, cada uno culminó con cinco puntos, empataron 1-1 entre ellos, pero la URSS fue líder del sector por golear 6-0 a Hungría y derrotar 2-0 a Canadá, mientras que Francia sólo venció 1-0 a los canadienses y 3-0 a los húngaros.
Brasil regresó al Estadio Jalisco y lo hizo en plan grande ya que ganó el Grupo D con marcha perfecta, comenzó derrotando a España 1-0, mismo marcador contra Argelia y finalmente salió el poder goleador al imponerse 3-0 a Irlanda del Norte. En segundo puesto acabaron los españoles, que se repusieron de su descalabro inicial para vencer 2-1 a los irlandeses y 3-0 a los argelinos.
Los aires de Ciudad Nezahualcóyotl favorecieron a Dinamarca, que ganó el Grupo E con marca perfecta al vencer 1-0 a Escocia y 6-1 a Uruguay, mientras que en Querétaro se impusieron 2-0 a Alemania, que se tuvo que conformar con el segundo lugar con apenas tres puntos ya que no pasó del empate 1-1 contra los charrúas pero avanzó por vencer 2-1 a los escoceses. A pesar de sólo tener dos unidades y dos goles anotados por siete recibidos, los charrúas siguieron adelante como el cuarto mejor tercer lugar.
Finalmente, una grata sorpresa en el Grupo F, Marruecos avanzó como líder con cuatro puntos, después de empatar 0-0 tanto con Polonia como con Inglaterra, avanzó al imponerse 3-2 a Portugal en el último cotejo. En el segundo puesto avanzó Inglaterra debido a que tuvo mejor diferencia que Polonia, ambos conjuntos sumaron tres unidades y todo se definió en el encuentro entre ellos, que ganaron los ingleses 3-0. Los polacos tenían asegurado su pase con tres unidades, aunque fue utilizando el recurso de ser uno de los mejores terceros lugares.
La etapa de octavos de final hacía recordar los mundiales de 1934 y 1938. El equipo que tuvo más problemas para seguir adelante fue Bélgica, ya que derrotó 4-3 a la URSS en tiempos extra. Los demás finiquitaron su pase en el tiempo normal: España 5-1 a Dinamarca, Inglaterra 3-0 a Paraguay, Alemania 1-0 a Marruecos, Francia 2-0 a Italia, Argentina 1-0 a Uruguay, Brasil 4-0 a Polonia y México 2-0 sobre Bulgaria en el Estadio Azteca con tantos de Manuel Negrete y Raúl Servín.
La paridad fue grande en cuartos de final ya que tres de las cuatro eliminatorias se definieron en tandas de penales. Sólo Argentina, con la ayuda de "La mano de Dios", acabó en tiempo regular al derrotar 2-1 a Inglaterra. España y Bélgica acabaron 1-1, los belgas ganaron 5-4 en penales; Francia dejó fuera a Brasil 4-3 después de igualar 1-1 en los 120 minutos y el partido entre Alemania y México no tuvo goles, pero en la definición desde los 11 pasos ganó el conjunto teutón 4-1.
Las semifinales no representaron grandes desafíos para los vencedores, los dos ganaros con marcador de 2-0, Argentina sobre Bélgica con dos tantos más de Diego Armando Maradona, Alemania derrotó a Francia con goles de Andreas Brehme y Rudi Voller.
Francia debió llegar hasta los tiempos extra para quedarse con el tercer lugar derrotando 4-2 a Bélgica en el Estadio Cuauhtémoc después de acabar 2-2 en el tiempo regular.
La final fue muy buena, Argentina se coronó ganando 3-2, parecía que tendrían un triunfo fácil ya que a los 55 minutos ya ganaban 2-0 con tantos de José Brown y Jorge Valdano, pero el espíritu alemán salió a flote, Kart-Heinz Rummenige anotó al 74' y Rudi Voller empató al 80', ahora los tiempos extra estaban cerca, pero José Burruchaga marcó el del triunfo al 83'.
El campeón goleador fue un jugador inglés, Gary Lineker, quien consiguió seis tantos, tres de ellos en un encuentro, dos en otro y se despidió marcándole uno a Argentina.